此后，同治帝不断出现痘粒，并开始收浆结痂脱落，似乎一切正朝着慈禧期盼的方向发展。然而，十一月二十日以后，同治帝病情突然恶化，他开始出现毒疮，而且毒疮在腰部溃烂如洞，流脓不断，疼痛不止，面颊肿硬，口喷臭气。“湿毒流聚腰间，红肿溃破流脓水。……痘后余毒湿盛”。之后，虽然“痘痂俱落，而腰间溃孔，左右臀部溃孔……”

慈禧

同治十三年十二月初五日酉刻，同治帝“六脉已绝”，病逝于养心殿东暖阁。母亲慈禧失去了自己的儿子。