明清晋商衰落自身、内在的原因，主要有四：

首先，明清晋商是封建统治阶级的附庸。如前所述，明初晋商藉明朝统治者为北方边镇筹集军饷而崛起，入清后又充当皇商而获得商业特权，清季又因为清政府代垫和汇兑军协饷等而执金融界牛耳。一言以蔽之，明清山西商人始终靠结托封建政府，为封建政府服务而兴盛。但当封建政府走向衰亡时，山西商人也必然祸及自身。如志成信票号，庚子事变后，曾将资本运往南省放贷，但辛亥革命中运往南省资金大多散失。而清廷提银刻不容缓，结果账面上有应收银 400万两，有应付银 200万两，但实际上已无法周转，被迫倒闭。民国初年，债权人大多在山西太谷、平遥、祁县坐索欠款，财东因票号损失惨重，已无力偿还，只能卖房卖地，甚至逃匿他乡，有的还沦为乞丐。

其次，“以末致富，以本守之”的传统观念，束缚了晋商的发展。晋商资本流向土地，在明代已屡见不鲜。入清后，晋商购置土地者很是普遍。有民谣称：“山西人大褥套，发财还家盖房置地养老少”。此谓“大褥套”是指形同褥子的布套，也可搭在牲口背上供人骑坐。这句民谣反映了晋商外出经商致富后还家盖房置地养老少的传统观念，在这一传统观念支配下，其商业资本是不利于向近代资本发展的。

再次，墨守陈规，思想保守。如前所述，随着外国资本主义的侵入，旧有的商业模式已被打破，加快改革，适应潮流，是求得自身发展的途径。但是由于晋商中一些有势力的财东和总经理思想顽固，墨守陈规，以致四次失去票号改革机会，晋商终于失去昔日光辉。

复次，近代企业的投资见效周期过长。20世纪初，晋商中一些有识之士以高度热情投资民族资本近代工业，但由于当时保矿运动的影响，其资本主要投入了投资额大、见效周期长、管理要求高、并受运输条件制约的煤矿业，而不是投资少、周转快、利润高的棉纺、面粉、卷烟等轻纺工业，致使资金大量积压，陷入困境。