财政部部长金人庆表示，“三奖一补”政策的实施产生了强烈的政策导向作用，调动了地方各级政府缓解县乡财政困难的积极性，增强了发展县域经济的主动性，提高了地方对控制和化解县乡政府债务的重视程度，促进了省以下财政体制的完善，保证了基层政权的运转能力，并调动了产粮大县发展粮食生产的积极性。“三奖一补”政策实施头两年已带动地方安排的配套资金808亿元，全国791个财政困难县共增加财力1298亿元，平均每县(市)增加财力16410万元。

随着财力的增加，县乡财政保障能力也明显增强，多年来存在的拖欠工资这一老大难问题得到了解决，2006年各地行政事业单位人员全国统一规定工资全部实现按时足额发放。县乡政府运转状况显著改善，2004年至2006年，县级人均公用经费水平由4135元提高到6367元。同时，用于教育、卫生、社会保障等方面的支出也增加很多。