天然岸线和生境减少围填海导致海岸滩涂生态系统退化、海岸线平直化。大亚湾北部化工基地、大鹏半岛港区和马鞭洲岛等区域的天然岸线已变成钢筋水泥海岸，海湾潮流场改变，滩涂湿地锐减，潮间带生物灭绝。珠江口深圳、珠海和广州南沙沿岸成为围填海的重点区域，岸线不断向海延伸，天然岸线逐渐被平直的人工岸线取代。南海区天然岸线主要被开发为港口、城市生活、临海工业、海水养殖、滩涂围垦、滨海旅游等人工岸线，导致南海区滨海湿地和潮间带生物栖息地减少，红树林、珊瑚礁和海草床生态系统亦遭破坏。