珠江口生态监控区生态系统处于不健康状态。水体富营养化严重，83 %站位无机氮含量超第四类海水水质标准，17%站位活性磷酸盐含量超第四类海水水质标准，深圳湾附近海域受活性磷酸盐污染最严重。部分水体底层溶解氧含量偏低，30%以上站位底层溶解氧超第四类海水水质标准，主要位于虎门附近海域。沉积环境质量总体一般，约40%站位铜和砷含量超第一类海洋沉积物质量标准。部分生物体内铅超第三类、石油烃超第二类、镉和砷超第一类海洋生物质量标准。生物群落结构状况一般，浮游植物密度偏高，底栖生物生物量偏低。鱼卵和仔、稚鱼密度偏低。

与往年相比，水体无机氮含量仍维持在高水平，活性磷酸盐含量上升。沉积物中铜含量显著升高。生物体内污染物含量基本不变。生物群落基本稳定。鱼卵和仔稚鱼主要为经济价值低的种类，经济价值高的种类密度下降。中华白海豚死亡数量创近年来新高，全年发现异常死亡22头，死因包括海上船只撞击，水下爆破冲击，渔网缠绕，环境恶化导致患病以及天气恶劣导致幼体与母体分离等。珠江口海岸线不断向海延伸，深圳、珠海和广州南沙地区成为围填海的重点区域，天然岸线逐渐被平直的人工岸线取代。

红树林在深圳福田、香港米埔－后海湾湿地和珠海淇澳岛保护区内得到了较好的保护，人工恢复重建效果良好。其中，珠海淇澳红树林保护区成为全国人工种植连片面积最大的红树林。但个别红树林中的本土树种受到外来树种入侵，如后海湾红树受到海桑和无瓣海桑两种入侵树种的威胁。

雷州半岛西南沿岸生态监控区生态系统处于亚健康状态。水环境状况符合第一类海水水质标准。沉积物状况良好。部分生物体内镉超第一类海洋生物质量标准。生物群落结构状况一般，浮游植物种类数为77种，较2007年减少了42种，但密度偏高。底栖生物种类偏少，栖息密度和生物量偏低。鱼卵和仔稚鱼密度偏低。与往年相比，浮游植物种类数下降，密度显著升高。底栖生物种类数仍处于低水平，但生物量有所上升，鱼卵和仔稚鱼密度逐年下降。

徐闻珊瑚礁状况较差，盖度逐年下降，死亡率上升，其中水尾角活珊瑚的平均盖度从2004年的40％下降至2009年的14％，放坡珊瑚的平均死亡率达到60%以上。珊瑚礁出现少量白化现象。珊瑚群落结构发生改变，优势种由秘密角蜂巢珊瑚转变成对沉积物耐受力较强的二异角孔珊瑚。珊瑚生长受到大量絮状沉积物覆盖和底质软化的影响。

广西北海生态监控区水环境状况良好，符合第一类海水水质标准。珊瑚礁生态系统处于健康状态。涠洲岛竹蔗寮和牛角坑近岸海域的硬珊瑚盖度高，年际变化不大，珊瑚礁健康状况良好，继续保持稳定状态。但个别区域受到较严重的人为影响，活体珊瑚礁减少。

红树林生态系统处于健康状态。山口红树林自然保护区红树林面积基本不变，本地树种未出现退失。红树林及其生物多样性得到较好的保护，和尚蟹、沙蚕、裸体方格星虫等环境敏感指示生物大量繁殖。红树林群落种类多样性和生境完整性保持良好，一些受寒害的红树林群落正在恢复。保护区的主要生态问题是红树林虫害问题和互花米草入侵。2009年红树林虫害较往年减轻，红树林害虫主要是广州小斑螟和广翅腊蝉。互花米草和无瓣海桑依然是主要的外来入侵种，入侵面积增大。1至9月共统计到各种鸟类数量比往年减少，但近年来首次在保护区内观测到14只小天鹅。

海草床生态系统处于亚健康状态。下量尾草场得到一定恢复和发展，长势较好，草场面积约22公顷，群落为喜盐草单生，恢复的原因是附近贝类养殖场荒弃从而消除了最主要的人为破坏因素。英罗草场面积仅有3.5公顷，群落为喜盐草单生。英罗草场长期受挖掘沙虫、耙螺、电鱼、电虾等人为活动的干扰，生长状况不良。

北仑河口生态监控区生态系统处于健康状态。水环境和沉积环境质量总体良好，自2005年以来基本不变。浮游植物密度偏高，底栖生物生物量一般。红树林群落稳定，整体长势良好；但4至8月桐花树遭受虫害，主要害虫是广州小斑螟。记录红树林鸟类63种，其中黑翅鸢、红隼、褐翅鸦鹃、小鸦鹃属国家二级重点保护鸟类。虫害是威胁北仑河口红树林健康的主要因素。

海南东海岸生态监控区水环境总体良好，除珊瑚礁区内局部海域溶解氧属于第二类海水水质外，其余指标符合第一类海水水质标准。沉积物环境质量一般，部分区域硫化物超过第二类沉积物质量标准。

海南东海岸珊瑚礁生态系统处于健康状态。造礁珊瑚和珊瑚礁鱼类种类丰富，均超过80种。蜈支洲岛、长圮港外缘礁坪和亚龙湾东排断面珊瑚礁生态系统保持完好，活造礁石珊瑚平均盖度和硬珊瑚补充量高。大东海、小东海和西岛礁区珊瑚生长状况也较为良好。但铜鼓岭区、长圮港礁坪内缘、龙湾、亚龙湾西排断面和鹿回头沿岸珊瑚礁区出现退化，造礁石珊瑚平均盖度低于15%，铜鼓岭区软珊瑚大量出现，亚龙湾西排断面死珊瑚平均盖度偏高。造成退化的因素包括：破坏性渔业活动、污水排放、周围海域的工程修建和长棘海星侵害等。

海草床生态系统处于健康状态。海草群落基本稳定，共分布有8种海草。其中以泰莱藻和喜盐草密度最高，海菖蒲和小喜盐草密度最低。生物量则以海菖蒲最高，其次是泰莱藻，其余种类生物量偏低。海草床内大型底栖生物以软体动物为主。监控区内的海水养殖活动、捕捞作业、船只停泊、海岸带开发活动和污水排放等是海草床受到的主要威胁。