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2009年12月5日，市政府颁布了《上海市放射性污染防治若干规定》，自2010年1月15 日起施行。该规定在上位法基础上，根据本市实际管理需要作进一步的具体细化规定：明确了市和区、县两级环保部门对放射性污染防治的执法分工，加强了对含放射源探伤装置的管理，突出了放射性物质的运输监管，细化了放射性污染事故的应急管理要求。
加大执法检查力度
根据环境保护部等八部委要求，2009年本市环保专项行动重点开展了三大类16项执法检查和执法后督察，以巩固 2008年环保专项行动成效。据不完全统计，全市共出动执法检查25600余人次，检查企事业单位21350余户次，检查机动车30068辆，处理信访案件12692件，立案查处违法排污单位881家，责令144家违法企业停产、关闭、搬迁。挂牌督办了一批重污染企业的污染整治工作，对一批不能稳定达标的污染企业实施了限期治理，解决了一批群众反映强烈、举报和投诉集中的难点、热点环境问题，保障了群众的环境权益，促进了主要污染物减排工作的顺利实施。
完善环境执法监督机制
2009年世界环境日和2009年年底，市环保局分两批公布了全市环保系统查处的环保违法企业黑名单共1149户次，对严重违法案件和违法单位实行分级分批挂牌督办，并组织媒体曝光，加强了社会监督，确保了整改措施的落实。
2009年，市环保局积极推进长三角重点企业环境行为信息公开工作，江、浙、沪两省一市环保部门联合制定了《长江三角洲地区企业环境行为信息公开工作实施办法（暂行）和《长江三角洲地区企业环境行为信息评价标准（暂行）》，发布了《关于组织开展长江三角洲地区重点企业环境行为信息公开工作的通知》，明确了评价标准、工作程序和时间要求。2010年 6月将由三省市环保部门联合发布评价结果。
环评管理
2009年，本市加强建设项目环保审批服务，配合国家抵御世界金融危机、解决民生和拉
动内需项目，加强前期介入与协调沟通，在不放松环保要求的前提下加快审批进程，为一批国家投资项目、大型居住社区建设等开辟“绿色通道”。
积极配合2010年世博园区内建设项目的投运，加快环保审批，及时保证场馆和配套服务用房的交付使用，简化手续实行相关告知承诺制度。
持续推进规划环评和区域环评。市环保局完成了上海市内河港区布局规划环评及审查，协调推进上海市第二轮轨道交通规划。积极参与改建铁路上海至金山扩建改造工程、北翟路中环线立交工程、江桥生活垃圾焚烧厂技改及扩能工程等一批重大工程的前期协调和环评审批，并加强了项目的中后期管理和公众参与等工作。
继续执行“批项目，核总量”制度。市区两级环保部门共审批环评文件15072个，其中环评报告书498个，环评表7257个，登记表7317个。
环境监测
2009年，本市加强地表水环境质量常规监测，包括污染物入境通量监测、水环境功能区水质监测、水环境生态监测、饮用水源地水质以及特定项目监测和上游来水中微量有机物监测，参与国家近海网、长江网、太湖网的水质监测工作，开展苏州河生态恢复的监测工作，并在进行生物群落学监测的基础上，开展一系列的实验生态工作。在蓝藻 “水华”高发季节，以在线自动监测和遥感监测工作为核心，结合实验室分析和现场人工巡查，开展淀山湖蓝藻“水华”监测工作。
环境空气质量监测方面，重点做好环境空气质量自动监测站的规范化运行管理以及现场质量保证和质量控制，加强各类环境空气质量监测数据的有效性审核力度。密切关注环境空气中的臭氧和一氧化碳浓度变化情况，做好臭氧和一氧化碳日报、预报工作，探索VOC等光化学烟雾前体污染物的监测方法，开展灰霾监测试点研究。结合《2010年上海世博期间环境质量监测及空气污染预警体系建设实施方案》的实施，构建具有世界先进水平的世博会园区环境质量监测体系。在现有空气质量预报基础上，进行世博会空气质量预报模型开发研究，为世博会顺利召开提供技术保障。
声环境质量监测方面，随着上海市声环境质量监测点位优化调整方案的批准，及时组织调整和实施本市声环境质量监测工作。
污染源监测突出针对性，加大了对不稳定达标企业的监测力度，加强实时监控，提高信息采集、集成和综合分析能力，为污染源的监督管理、长效动态管理提供切实可靠的依据。
全年共获地表水、空气、噪声、生物和放射性等环境要素监测数据329.69万个，其中，自动监测数据303.97万个，水质常规监测数据11.55万个，环境空气监测数据1.54万个，噪声、生物和放射性监测数据12.63万个。
对16家国控废水重点污染企业、37家上海市市级废水重点监管企业、18家国控废气重点污染企业、44家上海市市级废气重点监管企业和43家污水处理厂进行了监督监测，实施突击抽查监测245次，共获得重点污染源监测数据3.41万个，其中，废水监测数2.58万个，工业炉窑、废气监测数据0.83万个。