国家审计署财政审计司负责人就中央支农专项资金审计调查结果答问时称，16个省2006年收到中央支农专项资金1264亿元，占收到全部专项转移支付的46%。审计调查发现当前中央支农专项资金在管理方面存在三个问题。

2007年，审计署对黑龙江、吉林、河北、山西等16个省(自治区)2006年中央转移支付支农专项资金的管理使用情况进行了审计调查，重点抽查了50个县。国家审计署今日公布了今年第6号审计结果公告，公布50个县中央支农专项资金审计调查结果。

该负责人介绍称，近年来，中央财政不断加大对“三农”资金的投入，特别是2006年《中共中央国务院关于推进社会主义新农村建设的若干意见》公布后，中央财政安排用于“三农”的资金大幅增长，如何分配、管理和使用好这些资金，确保科学分配、规范管理和安全合法有效使用，最大限度地发挥其经济效益和社会效益，已成为当前党和各级政府关注的重点工作，加之有关部门强化了管理、监督力度，从总体上看支农专项资金分配和管理使用情况是好的。在资金投入上，支农专项资金增长较快。16个省2006年收到中央支农专项资金1264亿元，占收到全部专项转移支付的46%。

从投向看，主要投向了农村公路和通达工程、种粮农民柴油化肥综合补助、天然林保护工程补助、农业综合开发、新型农村合作医疗补助等“三农”的重点领域，并拉动地方各级财政投入1628亿元。

从分配级次上看，中央支农专项资金76%都用到了县级，成为基层财政支持农业和农村发展的主要资金来源。

从管理制度和创新看，逐级建立了责任制、加强了建章立制工作，并积极探索整合支农专项资金的路子。

从事业发展取得的成果看，无论是在新增粮食生产能力、农业生产总值、新增和改造农村道路里程、新建和维修中小学校数量、享受了“两免一补”政策的学生人数、改扩建医疗机构个数、参加新型农村合作医疗的人数等方面都有进一步的新发展，取得了很好的社会效益和经济效益。

该负责人同时指出，但审计调查发现当前中央支农专项资金在管理方面也还存在一些问题。一是项目点多面广，资金严重分散，且受部门分割条条管理和专款专用制度的制约，地方在支农资金的使用中很难有效整合，致使地方政府难以集中财力解决“三农”事业发展方面面临的突出问题，影响支农资金更大效益的发挥。

二是项目执行和资金拨付滞后，影响中央支农惠农政策的贯彻落实。

三是一些主管部门(单位)受部门利益驱动或缺乏责任心，在支农项目实施过程中，仍存在变相增加农民负担、损害农民利益的问题。