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“当时是为了统一各高校的留京要求，实现留京指标的普遍平等。”北京市教委的一位退休老干部告诉记者，“不过，‘统一’收到了反效果。”
“少数名牌高校留京指标过剩，而众多的普通高校则会因为不多的几个留京指标争得‘头破血流’。”而且在这一年，“对英语盲目崇拜”和“学生官僚主义”的说法甚嚣尘上。
“争议最多的就是‘省部级荣誉称号的毕业生’能否不受专业限制留京的问题，这是否会导致大学生崇拜权力，崇拜官职？”上述北京市教委工作人员回忆说，“当时还引发了一些‘校园腐败’和‘暗箱操作’的事件，影响很不好。”
2003年6月，北京某著名高校被媒体曝光，称“要价1万元卖留京指标”。随后，关于留京指标的非法买卖事件屡屡被曝光，引发了社会各界的大讨论。
除此之外，留京指标与进京指标“不对口”还产生了很多资源浪费的现象。
进京指标是指由北京市的用人单位向北京市人事局申请的招聘非京籍生源应届毕业生的用人指标。“进京指标是由用人单位提供的，是与聘用关系挂钩的，单位在招聘人才时要求就比较多样了，肯定不是按照成绩和荣誉了。”该工作人员介绍说，当时有一些学生有留京指标却拿不到进京指标，又有另一批学生有进京指标却没有留京指标。“导致大量指标‘不对口’、‘不挂钩’，浪费了资源。”
2006年，小西所在的学校按照各班非京籍生源人数的15%分配留京指标，算下来，小西他们班是33个人中选5人。“我是第五名，但是第六名的班干‘优先’了。”小西至今仍难以释怀，“北京生源的学生根本不用竞争，太不公平了。”
为了继续“北京人”的梦想，2008年，小西选择了考研，“研究生是不用留京指标的。”
可也是在这一年，面对越来越多的“不公”争议，也面对“留京指标”逐渐多于“进京指标”，从而失去了现实效力的窘境，北京市教委决定逐渐放开 “第一道关卡”，削弱学校的权限，突出“就业导向”。
“直到最近几年，北京所有高校的学生都能拿到留京指标，这体现了公平原则。”北京市教委人士认为，留京指标已经失去了“指标”的含义。“算是一个手续吧，仅此而已。”