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工程建设任务合理调整
天保工程二期主要任务：长江上游、黄河上中游地区继续停止天然林商品性采伐，东北、内蒙古等重点国有林区从一期定产的1094.1万立方米，分3年调减到402.5万立方米；管护森林面积17.32亿亩；建设公益林1.16亿亩；国有中幼林抚育2.63亿亩，培育后备资源4890万亩；继续对国有职工社会保险、政社性支出给予补助。
二期任务合理调整：工程二期取消了已结束的种苗、科技支撑、森林防火项目，以及国有和混岗职工一次性安置项目，继续对公益林建设（包括人工造林、封山育林、飞播造林），森林管护，职工社会保险（包括基本养老、基本医疗、失业、工伤和生育），政社性支出（文教、卫生、公检法司、政府经费）进行补助并相应提高补助标准；增加的项目有，东北、内蒙古等重点国有林区的后续资源培育（包括人工造林和改造培育），国有中幼林抚育，天保工程区集体林中的国家级公益林补偿、地方公益林的管护补助，以及支持企业分离广播电视、城市环保、社区管理等公益事业的改革资金。
特别关注各项补助政策措施
生态修复方面
1.关于公益林建设。
长江上游、黄河上中游地区共有宜林荒山荒地、宜林沙荒地、采伐和火烧迹地、无林地合计为24242万亩，疏林地3619万亩。工程二期安排公益林建设11550万亩，其中：人工造林3050万亩，封山育林7100万亩，飞播造林1400万亩。在综合各地实际造林成本、立地条件等诸多因素，最终确定了各项投入标准。
人工造林标准：工程一期单位投入标准为，长江上游地区200元/亩（中央预算内160元/亩），黄河上中游地区为300元/亩（中央预算内240元/亩）。经过工程一期建设，长江上游地区造林地有相当数量的宜林地处在高海拔、高寒、干热干旱河谷地区，造林难度增大，单位成本增加，所以工程二期将上述两个地区人工造林中央预算内单位投资标准统一提高到300元/亩。
封山育林标准：原工程一期单位投入标准是70元/亩（中央投入56元/亩），工程二期中央预算内单位投资标准提高到70元/亩。
飞播造林标准：工程一期单位投入标准是50元/亩（中央预算内40元），由于近几年航空油料价格上涨较多、种子价格上涨、空地勤人员工资增加等诸多因素，工程二期确定中央预算内单位投入标准提高到120元/亩。
2.关于森林经营。
中幼林抚育标准：工程一期实施禁伐和限伐措施，有效地增加了森林植被，也使大量天然次生林林分生长过密，自然更新速度周期长，中幼龄树生长受阻，幼树枯损严重，防护效能低下；大量人工林由于初植密度过高，林分郁闭后，空间竞争激烈，因没有及时抚育，生长被抑制，甚至造成大片林木衰退甚至死亡。因此，对国有中幼林抚育，促进林木生长，增加森林蓄积量已刻不容缓。同时，国有林区还有相当数量的职工处在待业和半待业状态，也需要寻找稳定的就业渠道。按照最新的森林资源清查数据，工程区有中幼林面积7.29亿亩（长江、黄河4.61亿亩，东北内蒙古2.68亿亩），工程二期按照轻重缓急的原则，优先对初植密度高、林分郁闭大、空间竞争激烈、生长被抑制的中幼林地块进行抚育，规划中幼林抚育任务2.63亿亩，占需要抚育面积的36%。中央财政按照120元/亩的标准安排补助。通过采取人为干预的措施，提高林木生长速度，提高林分质量，加快森林向稳定群落方向演替。
后备资源培育标准：东北、内蒙古林区一直是我国重点国有林区，长期担负着为国家提供大量生产建设用材的任务，因而被誉为国家重要的木材生产基地。经过长期过量采伐，林区森林资源状况下降，龄组结构不合理、单位面积蓄积低、林地生产力低下、林分中目的树种组成降低等问题突出，使得现有森林结构处于不稳定状态，急需休养生息。为加快国有林区后备资源培育，保障我国木材战略安全，按照因地制宜、因林施策的原则，在保护好现有森林植被的基础上，采取人工造林和改造培育等综合措施，加快后备资源的培育，改善林分结构，提高林地生产力，增加森林蓄积。同时结合安置国有林业职工就业，并提高现有职工的收入。根据大量实地调查数据和成本分析，工程二期安排后备资源培育任务4890万亩，中央预算内单位投入标准为，人工造林300元/亩，森林改造培育200元/亩。
3.关于森林管护。
投入标准一是天保工程区森林管护与森林生态效益补偿政策并轨，二是与集体林权制度改革相衔接，实现不同用途林种、不同林权权属，享有不同的合理资金补助政策。工程二期共安排森林管护任务17.32亿亩。在管护面积中，首次将天保工程区2.8亿亩集体所有的国家级公益林，与全国森林生态效益补偿标准并轨；同时，考虑到3.6亿亩地方公益林生态区位的重要性以及中央财政投入的连续性，中央财政按3元/亩·年补助管护费。这样就有效地解决了工程一期实施中，没有对纳入天保工程区管护的集体林进行补偿的问题。
国有林标准：工程一期的森林管护补助标准为1.75元/亩·年（中央财政1.4元/亩·年），工程二期，中央财政按照5元/亩·年的标准安排森林管护补助费，与国有国家公益林生态补偿标准一致。管护面积的核定，东北、内蒙古等重点国有林区（包括内蒙古南八局、吉林四局）、海南、新疆和新疆兵团，统一按照林地面积给予补助；长江上游、黄河上中游地区，继续按照有林地、灌木林地和未成林造林地面积给予补助。
集体所有的国家公益林标准：中央财政安排森林生态效益补偿基金10元/亩·年，标准与非天保工程区一致。面积以国家界定的区划界定面积为准。
集体所有的地方公益林标准：按照事权划分的原则，地方公益林主要由地方财政安排补偿基金，但考虑到其生态作用重要、省区地方财政比较紧张，以及国家投入政策的连续性等，中央财政按照3元/亩·年的标准补助森林管护费。
集体林中的商品林标准：按照实行集体林权制度改革后，明晰产权、放活经营权、落实处置权、保障收益权的要求，由林农依法自主经营，中央不再安排管护补助费。