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转轨成本财政埋单
除了公费医疗改革带来的公平问题，有关改革成本的问题也值得关注。
北京市早在2009年3月就开始了区一级的公费医疗试点，当时参与试点的三个区是平谷、海淀和西城。而平谷区的试点由于阻力小、推进快被公认为北京市区级公费医疗试点的“典范”。
公开数据显示，2009年平谷区为推行医保改革，安排财政预算6600万元，其中包括一次性“注入”医保基金5600万元，这笔费用是平谷区机关事业单位参保人员工资总额 5.6亿元的10%，相当于基本医保规定中，单位应代缴的部分，剩下部分是退休人员的统筹补偿资金。另外，按照国家相关政策，设立补充医疗保险基金560万元。
而平谷区2008年度财政公费医疗支出为3200万元，6600万元与之相比增加一倍多，即使以2009年医保基金实际使用额5440万元计算，也比2008年财政开支增加68%。
北京市2012年财政预算，对于市级医保改革是否需要类似比例的增加，《投资者报》向褚福灵进行求证，褚福灵表示没有做过相关测算，不能确定具体数据。
但几位接受采访的专家一致表示，公费医疗改革初期肯定需要政府支出额外的转轨成本。仇雨临在接受采访时明确表示，“改革初期肯定会有先期成本，这是不可避免的”。
但“此项财政预算的增加并不需要通过人大审议，也不存在法律层面的障碍，因为公费医疗改革，是早在1998年出台《国务院关于企业职工基本医疗保险制度的决定》时就定下来了。”仇雨临说。
她同时强调，“我们应该从更长期的角度来看，财政支出是降低的，医疗资金的使用效率会提高。改革的意义是从制度上实现并轨，要看到制度上的进步。”
平谷区涉及公费医改的有2.16万人，并轨医保当年增加支出2200万元，如果以改革的人均成本推算，北京市市级公费医疗改革涉及22万人，支出可能增加2亿元，约为2010年公费医疗实际支出 26.2亿的 8%。以此比例乘以北大政府管理学院教授顾昕估算的五六百亿的公费医疗开支规模，全国公费医疗改革的增加支出大约50亿元。
但可以换来2012年以后包括北京在内的24个省市，再不用担心“公费医疗”这个无底洞，政府的责任将仅限于缴纳参保人员工资总数的10%到医保统筹基金，如报销费用不够，原则上不再增加，由医保基金支付。
中国社科院经济研究所研究员朱恒鹏对公务员医改的意义评价颇高，他认为，公务员取消公费医疗并入医疗保险，使中国的保险制度走向一体化，意义重大。不过，一个不容否认的事实是，“体制内人”在长期享受医疗双轨制优势之后，其并轨的成本最终仍旧转嫁到普通纳税人头上。