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二、中央部门预算执行审计查出问题的整改情况
中央部门高度重视整改工作，采取有效措施，切实落实整改责任。此次审计的54个中央部门中，有34个部门的主要负责人和分管领导对整改工作提出要求；有31个部门专门召开会议，研究部署整改工作，制定整改方案和具体措施。财政部等部门还成立了专门的核查小组，对预算执行审计查出问题的整改落实情况逐条跟踪核查，督促各责任主体切实履行整改责任，确保按时完成整改任务。截至2011年10月底，审计查出的违反财经制度规定问题，有55.31亿元已经整改到位，其余问题正在整改落实；还有26个部门及部分所属单位结合整改工作，制定和修订了69项内部规章制度，涉及财务预算、资金资产管理和内部监督等多个方面。
（一）关于项目支出预算编制不够完整和具体、一些部门本级预算未完全执行到位问题。对11个部门本级106.76亿元项目支出预算未细化到具体单位和项目、5个部门本级自行调整2.74亿元项目支出预算问题，相关部门采取措施，加强了预算编报基础工作和预算管理，进一步严格了预算审批程序。对32个部门本级以拨作支、虚列支出、在项目或预算科目之间调剂使用资金5.81亿元问题，各有关部门本级通过调整账目和决算报表、归还原资金渠道等方式整改5.25亿元。对未按规定征缴非税收入等4.51亿元问题，17个部门本级通过停止违规收费等方式整改4.11亿元。其余问题正在整改。
（二）关于部分部门所属单位违反财经制度问题。
1．预算执行不够严格和规范问题。对未经批准扩大开支范围等10.26亿元问题，187个所属单位通过调整账目和决算报表、归还原资金渠道等方式整改7.18亿元；对虚列支出、以拨作支等1.51亿元问题，27个所属单位通过调整账目和决算报表、归还原资金渠道等方式整改1.43亿元；对多申领财政资金0.3亿元问题，13个所属单位通过调整账目和决算报表、归还原资金渠道、加强预算编报管理等方式，全部整改完毕。
2．私存私放资金设立4.14亿元“小金库”问题。73个所属单位通过调整账目和决算报表、收回私存私放资金余额等方式，整改3.75亿元。
3．收入和资产管理存在一些薄弱环节问题。对未按规定征缴非税收入和违规收费6.77亿元问题，79个所属单位通过停止违规收费、调整账目和决算报表等方式整改5.72亿元；对违规出租出借资产、委托理财以及资产入账不及时等18.75亿元问题，46个所属单位通过收回违规出租出借资产和委托理财资金、调整账目和决算报表等方式，整改17.26亿元；对未严格执行政府采购规定及采购程序不规范7.57亿元问题，39个所属单位采取了规范政府采购行为、严格执行政府采购管理有关规定、加强政府采购工作领导和监督等措施，全部整改完毕。
（三）关于部分科技经费使用和管理不够规范的问题。对重大科技专项存在的问题，财政部要求重大科技专项牵头单位进一步加强对项目承担单位用款计划的审核，保证按项目进度拨款，防止资金大量沉淀；严格要求牵头单位在申请财政部拨款时出具更为详实的特设账户专款余额和具体用款要求，并加大监管力度，确保专款专用。对国家科技支撑计划项目成果审核等方面的问题，科技部专门发文要求项目组织单位落实整改措施，并且正在研究完善包括科技支撑计划在内的科技计划管理模式。
（四）关于一些部门决算草案编报不够准确的问题。对决算草案中收入、支出、结余和资产编报不够准确等22.44亿元问题，36个部门已调整账目和报表20.58亿元，整改率为91.71%。
三、中央转移支付资金审计查出问题的整改情况
（一）关于转移支付在财政支出中占比较高的问题。财政部正在研究加快地方税收体系建设，提高地方财政收入自给能力，形成规范透明的转移支付制度，并进一步完善转移支付分配办法，推进基本公共服务均等化进程。
（二）关于专项转移支付在转移支付中占比较高的问题。财政部将推进专项转移支付项目的清理归并，严格控制新增专项转移支付项目，将部分按因素分配、用于保障和改善民生等基本公共服务领域、数额相对较大的专项转移支付调整为一般性转移支付，并结合财政体制改革进展，研究完善均衡性转移支付等一般性转移支付项目的规模确定机制，逐步提高一般性转移支付规模和比重。
（三）关于部分专项资金设置交叉重复的问题。财政部将继续推进专项转移支付项目的清理整合，对政策目标已经实现、形势发生变化或与公共财政要求不尽符合的，将及时予以清理；对政策目标相近、资金投入方向类同、资金管理方式相近的，将予以归并；探索对涉农资金等做“自下而上”与“自上而下”相结合的统筹整合。
（四）关于上级转移支付资金未完整纳入地方预算的问题。财政部正在研究继续改进转移支付指标提前通知工作，为进一步提高地方预算编制的准确性和完整性创造条件。
四、国税征管审计查出问题的整改情况
（一）关于部分涉税审批事项不合规的问题。对批准企业超过认证期限的增值税发票进项税款予以抵扣问题，经国务院批准，税务总局发布公告，明确了因客观原因逾期的增值税进项税款抵扣相关要求。对违规批准税前扣除和减免税优惠、流失税款25.78亿元问题，税务总局和有关部门进一步明确了有关政策规定，相关国税局积极补征税款及滞纳金，涉及税款24.35亿元。对不符合条件的高新技术企业享受26.65亿元税收优惠问题，科技部、财政部、税务总局等部门完善了高新技术企业认定管理的相关措施，有关国税局正在积极追缴税款及滞纳金，涉及税款26.45亿元。对尚未追缴入库的税款，相关国税局也制定了缴款计划。
（二）关于纳税审核和发票管理不严格的问题。对违规代开发票问题，10个区县级国税局开展了代开发票业务的全面检查，并完善了相关制度，强化了责任追究，对6名责任人员给予党纪政纪处分；通过加强对受票企业的稽查，追缴入库税款534.12万元。对15户企业虚开发票及使用不规范发票问题，相关国税局正在调查处理，已入库税款（含滞纳金和罚款）6283.24万元，个别情节较为严重的虚开、代开发票问题，公安部门正在立案查处。对纳税申报审核不严少征企业所得税问题，相关国税局对涉及的企业进行了专项检查，已征缴入库税款及滞纳金、罚款共计9.84亿元。
（三）关于人为调节税收进度的问题。相关国税局全部整改完毕，并结合整改下发了关于规范延期申报和延期缴纳税款审批、进一步加强税收征收管理等规定。
五、地方政府性债务审计查出问题的整改情况
国务院高度重视地方政府性债务审计查出问题的整改工作，要求把“有效化解地方政府性债务风险”作为各项整改工作的首要任务。2011年8月，国务院两次召开会议专题研究加强地方政府性债务管理有关问题。按照国务院部署，财政部会同发展改革委、人民银行、审计署、银监会等部门进一步采取措施，加强对地方政府性债务的管理和监督。财政部实施了新的债务管理信息系统，实行债务信息月报制度，强化债务动态监管；审计署、教育部、财政部正组织地方政府对公办普通高中债务情况进行深入和全面的调查研究，中央财政还设立了支持地方化解高校债务风险的奖补专项资金。
地方各级政府积极加强政府性债务管理，有13个省级政府专门召开会议，研究部署地方政府性债务审计发现问题的整改工作，有的设立了整改工作领导小组；有7个省级政府制定和完善了地方政府性债务管理制度或融资平台公司管理办法。各地还采取落实偿债责任、多渠道筹措偿债资金、设立偿债准备金等措施，妥善处理存量债务，积极纠正违规问题：一是违规为464.75亿元债务提供担保问题，有关地方和部门通过协商解除担保协议、撤销承诺函、被担保单位筹集自有资金归还等方式，整改到位220.27亿元；二是融资平台公司违规抵押或质押取得债务资金731.53亿元问题，有关单位通过完善相关手续、充实抵押物、增加合法抵押物、完善贷款手续、加快土地征收和拍卖、变更土地收储单位名称、与银行协商归还贷款等方式，整改到位230.61亿元；三是1319.80亿元债务资金未及时安排使用问题，相关地方通过抓紧项目前期准备、合理加快工程进度、理顺资金审批手续、及时归还等措施，整改到位1017.47亿元；四是351亿元债务资金被投向资本市场、房地产和“两高一剩”（高能耗、高污染、产能过剩）项目问题，相关单位通过清理催收被挪用债务资金、理顺项目间资金关系、调整贷款债务人、以自有资金置换或由财政安排资金归还原渠道等方式，整改到位140.35亿元；五是融资平台公司虚假出资、注册资本未到位等2441.5亿元问题，相关地方通过充实资本金、推进公司股权多元化、引进战略投资者、变更登记、清理整合等措施，整改到位983.23亿元。对其他问题，各地正在积极采取措施整改落实。