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第七章许可证书的核查
第三十三条发证机构每季度应对许可证书进行清点核对，核查许可证书的种类、数量等出入库登记与实际使用情况是否相符。
第三十四条发现许可证书有损毁、丢失、被盗等情况，发证机构应立即查找事故原因，追究相关责任，采取必要防范和整改措施，同时书面上报许可证局。
第三十五条发证机构应于每年一月底前填写上一年度《商务部进出口许可证书使用情况登记表》（见附表四），上报许可证局。
第八章许可证书的销毁
第三十六条对因改版而过期的空白许可证书，发证机构须在《商务部过期空白进出口许可证书封存/销毁登记表》（见附表五）上登记，经主要领导审核无误后封存。新版许可证书启用当年，经报上级分管领导批准，旧版空白许可证书按保密文件销毁规定予以销毁，并在《商务部过期空白进出口许可证书封存/销毁登记表》上如实登记。有关销毁的请示批件及销毁清单须留存备查。销毁情况报许可证局。
第三十七条发证机构应将废证在《商务部进出口许可证书废证封存/销毁登记表》（见附表六）上登记，经主要领导审核后封存。废证保存期为两年。
到期的许可证书废证，经报上级分管领导批准，按保密文件销毁规定予以销毁，并在《商务部进出口许可证书废证登记/销毁登记表》上如实登记。有关废证销毁的请示批件及销毁清单须留存备案。销毁情况报许可证局。
第九章检查与处罚
第三十八条许可证局对发证机构执行本规定的情况组织检查，并将检查结果纳入年度考核范围。
第三十九条检查或抽查内容：
（一）发证机构内部许可证书管理制度制定与执行情况；
（二）许可证书的征订、验收情况；
（三）许可证书的保管及专库、专柜的安全措施情况；
（四）许可证书的进、出库台账登记情况；
（五）许可证书的使用率情况；
（六）过期空白许可证书和废证的封存/销毁登记情况；
（七）按规定在空白证书管理系统进行登记的情况。
第四十条经检查，对未执行本规定的发证机构，视情节轻重给予提醒、警告或通报批评，并限期整改。
对不执行本规定造成许可证书丢失、被盗的发证机构，将按照《进出口商品许可证发证机构管理办法》的有关规定进行处罚。
第十章附则
第四十一条本规定由许可证局负责解释。
第四十二条本规定自发布之日起执行，原《进出口许可证证书管理规定》（外经贸配字〔1999〕第87号）同时废止。