为进一步摸清我市林木种质资源家底，科学保护和合理利用种质资源，推动林木良种事业发展。重庆市于2005年1月全面启动了林木种质资源普查工作。目前，历经3年的普查发现，重庆市濒危树种没有出现明显减少，该市林木资源比较丰富。

此次林木种质资源清查历时三年多，清查范围涉及全市39个区（县）、970个乡镇（国有林场）、47个（国家、省、县级）重点自然保护区，参加调查人员1500余人，调查标准地4620块，调查线路长度31824公里，清查面积200多万公顷。

据统计，重庆市主要林木种质资源共有120科538属2586种。针叶树种以马尾松、杉木、柏木为主，面积占全市有林地面积70%左右。珍稀、濒危树种35科60属69种，其中属国家Ⅰ级的有5科6属6种，以水杉、银杏和红木杉为主。属国家Ⅱ级的有32科48属51种，属国家Ⅲ级的有4科4属4种。

共筛选出48个树种优良林分892个小班，面积21557.2hm2。全市共有13个树种的采种基地，111处，面积为5182.2公顷。优树收集区5处，其中马尾松优树收集区4处，共收集马尾松无性系509个，总面积100.0公顷；杉木优树收集区1处，收集无性系114个，总面积1.5公顷。

全市共有8个树种的种子园626.4公顷；名木古树树种55科100属146种，共6683株，其中，黄葛树数量最多，达3578株，占总株数53.5%；全市外来引进树种31科50属101种，其中用材林14科21属40种，经济林9科15属42种。

此次清查，摸清了重庆市林木种质资源特别是优良乡土树种、主要用材林树种和经济林树种的种类、品种、规模、分布范围以及特性等情况，全市珍贵、稀有、濒危树木的种类和数量。对加强林木种质资源的保护、加快新品种开发、提高林产品市场竞争力、维护生态安全，推进林业可持续发展具有十分重要的意义。