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对生物和环境破坏很大
严重旱情对生态环境及生物多样性造成很大破坏。中科院昆明植物所生物多样性与生物地理学重点研究室博士税玉民认为，旱灾增加了物种灭绝的风险，生态系统发生变化。
税玉民考察发现，暖性石灰岩灌丛、竹林、干热灌丛、亚高山草甸、湖泊水生植被枯萎死亡，许多植株变得纤弱，水禽和两栖类动物正常生存繁衍受到干扰，部分野生动物种群数量下降；由于物种抗干旱能力程度不同，物种间共生关系被破坏，现有生态系统结构遭破坏。
税玉民近20年在滇东南从事植物资源研究，他发现，在滇东南喀斯特地貌地区大型乔木可以做到短期抗旱，一旦旱情持续时间长，林木成片死亡和枯萎，就可能造成地区保水能力降低，加速石漠化进程。
税玉民举例说，一种新近发现的珍贵物种“弥勒苣苔”在此次旱情中受到影响。该物种原本是3月份开花，由于气候影响，生长的苔藓环境被破坏，推迟到七八月开花，不少苣群刚开花就死掉。
分析
大旱不能只归咎极端气候
环保人士汪永晨认为，西南大旱不能一味归咎于极端气候，一些人为因素影响了局部小气候。
2010年5月，在高黎贡山国家级自然保护区白眉长臂猿管理站，记者看到与滇东北地区大河断流、水库枯涸、农田绝收不同的景象：郁郁葱葱的森林间浓雾弥漫，山涧溪流潺潺，蘑菇和地衣苔藓生机勃勃，树蛙和长臂猿鸣叫此起彼伏……
高黎贡山国家级自然保护区保山管理局局长艾怀森说，旱情虽对保护区有一定影响，但保护区自然生态系统完整，水源涵养能力强，应对干旱极端气候能力比人工林或单一物种林区强。艾怀森说：“越是生物多样性丰富，生态系统完整的地区抗击干旱的能力越强。”
税玉民认为，过多的人类活动扰乱自然环境，导致生态系统应对恶劣气候的能力减弱，自我修复能力差，“不重视前期保护，只考虑事后恢复的做法不可取。”
省林业厅副厅长刘一丹说，针对此次干旱影响，林业部门会开展一系列抢救性保护工作。首先摸清物种受损情况，采取就地保护、近地保护或迁地保护等措施；其次对珍稀濒危物种的生活环境进行适当修复，比如扩建部分水生动物生存繁衍栖息地，扩大野生动物水源地等。
经过多年建设，我省国家级保护区和部分省级保护区已具备一定的重点物种研究能力，但对非重点监测种类关注不足，缺少准确的野生动植物种群变动数据。由于干旱影响表现可能滞后，专家建议建立多学科长期监测站点，为应对气候变化提供科学依据。