中科院超算环境特点及成效

2011年08月11日17:25 | 中国发展门户网 www.chinagate.cn | 给编辑写信字号：T|T

关键词：我国超算环境特点成效

　　中国发展门户网8月11日电日前，中国科学院编写了《中国科学院信息化发展报告2011》，在其中介绍了中科院超算环境特点及成效。具体内容如下：

　　1.引领国内大规模科学计算应用

　　从中国国家网格各节点及应用来看，中科院超算总中心作为国家网格的主节点，截至2009年，成功运行的千核应用有8个。

应用名称	运行核数
星系演化大规模并行程序P_widgeon	8,192
结合精确相互作用势模型以及新型构象取样技术的蛋白质折叠过程模拟	6,400
凤凰计划	1,024
复杂生物分子模拟和药物虚拟筛选	4,096
流感病毒血凝素蛋白受低pH调控的计算模拟研究	1,024
盘古计划：解析暗宇宙中的结构形成	2,048
基于图形处理器的复杂油气储层介质中声场的多尺度离散模拟计算研究	1,024
基于分子模拟的中药有效成分作用的生物系统网络构建	7,200

图表 19.千核应用规模

　　此外，中国国家网格运行管理中心发布的各节点单位应用及部署情况也表明，在国家网格应用的部署、移植等方面，院超级计算中心的网格应用在中国国家网格各个计算节点中也居于领先地位。

　　2.服务社会创新活动初见成效

　　中科院不断探索科研信息化基础设施的共建、共享、共用的建设与服务新模式，推进与北京、武汉、深圳等地合作，积极为地方经济社会发展服务，已累计为社会提供机时服务超过950万CPU小时（至2010年6月底），涉及化工、冶金、医药、汽车设计、安全等多个领域。

　　2009年，院超级计算中心成为了首都科技条件平台研发服务实验基地。截至2009年12月底，院超级计算中心服务于北京市及驻京各类企事业、科研高校，如中国中医科学院中医药信息研究所、北京生命科学研究所、清华大学、北京航空航天大学等共计12个案例，取得了较好的社会效益和一定的经济效益。

　　院超级计算中心的科研人员为中医研究所开发了并行化中药方剂配伍程序，基于中医科学院提供的中药方剂配伍模型，运用高性能计算手段，针对中医处方数据统计不同药剂的配伍情况，加速了配伍计算过程，为研究分析中医处方的成分、剂量及药效提供科学性统计分析依据。

　　院超级计算中心利用深腾7000超级计算机，为北京生命科学研究所所做的流感病毒膜蛋白—血凝素（HA）构象变化的分子动力学模拟提供了千核以上模拟计算的基本条件，为研究流感病毒入侵细胞过程中的分子机制以及新型广谱抗流感药物的设计与开发提供了重要的支撑。

　　院超级计算中心目前正积极组织人力针对美国财富500强企业SMITH INTERNATIONAL, INC.下属的史密斯钻井设备（常州）有限公司北京第二分公司的核心知识产权—勘探模拟软件进行改进，帮助其找到适合该软件的硬件平台，制定软件改进方案，其中包括改进并行算法、并行实现方法优化（通信优化）、代码优化（提高CACHE命中率）等多个方面，并正在筹划进一步合作洽谈。

　　此外，院超级计算中心正在积极努力为北京长城华冠汽车技术开发有限公司提供稳定、高效、安全的高性能计算服务，计划通过与CAE软件结合、以工作流方式，为华冠汽车提供软、硬件平台的一揽子服务解决方案。

　　3.超算应用服务专业化初步显现

　　经过多年的积累，并依托超级计算中心的超级计算机、院超级计算环境，我们已可为用户提供及时、高效、准确的计算机时服务；为化学、生物学、大气科学、地学、天体物理、可视化和工业计算等学科领域提供服务的专业化技术团队已初具规模。通过建立VIP用户服务机制，实现了服务的标准化、规范化和价格体系化，向打造超级计算机时服务的专业化品牌而努力。

　　在一年一度的高性能计算培训的基础之上，广泛开展了计算化学、生物信息等学科的软件使用培训服务，通过“请进来，走出去”的方式，为广大院内外的科研人员提供高性能计算、学科软件应用的按需培训服务，截至2010年10月底，在北京、昆明、兰州、大连等地共举办高性能计算、GPU、计算化学、生物信息等专场培训近20次，培训学员超过3,000人次，覆盖院内外单位超过100家，有力地促进了中科院及院外各高性能计算应用领域科研活动的广泛开展。