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美巴合作面临挑战
尽管一些国际舆论纷纷提出要继续加强国际反恐合作，然而此次行动对巴基斯坦与美国的反恐合作，却提出了一些质疑和挑战。
疑问之一：本·拉登是否在巴得到支持？
在白宫5月2日举行的吹风会上，美国总统首席反恐顾问布伦南表示，本·拉登舒适地与家人住在伊斯兰堡以北的小城中，如果没有支持，是“不可思议的”。他说，美正在调查巴境内对拉登藏身此处的“支持体系”，美方正就此事与巴基斯坦方面进行讨论。美媒体称美国官员相信巴情报机构内有几个人知道拉登住在阿伯塔巴德。巴基斯坦驻美国大使表示，过去几年巴政府不知道拉登的下落，但一些同情拉登的巴基斯坦人可能为他提供了保护。
巴总统扎尔达里在《华盛顿邮报》上刊文表示，巴基斯坦既没有庇护本·拉登，也没有直接参与这次行动，不过他强调巴基斯坦一直以来与美国全面合作，确保了美国最终找到本·拉登的藏身之处。
此次拉登被击毙事件令巴基斯坦有些尴尬。对于拉登藏身之处，巴军方如果不知情，其情报能力将受到质疑；而如果巴军方知情，似乎就证实了美一些官员之前所说的巴军方与一些恐怖组织有联系的指控。不过，也有人认为，拉登选择最靠近军事机构的地方，也许就是考虑到最危险的地方反而最安全。
疑问之二：巴军方在这次行动中扮演了怎样的角色？
巴当地舆论非常关心这一问题。如果美行动事前未获巴方允许，势必涉及侵犯巴领空主权的问题。
布伦南表示，“美特种部队直升机趁着夜色从阿富汗的巴格拉姆空军基地出发，低空飞行绕过了巴军队的雷达监测，将拉登击毙”。美国一位高级情报官员向记者透露，由于击毙拉登的行动对美国至关重要，又考虑到行动人员的安全，美方没有事先通知巴方而采取了单边行动。直到美军飞机及行动人员离开巴领空，美国才通报巴基斯坦政府。美国白宫新闻发言人卡尼则向记者强调，奥巴马总统甚至在当选之前就清楚表明，如果美国得到拉登行踪而巴基斯坦政府不肯行动的话，美国将独自行动。
巴政府的表态是，此次行动为美单方行动，巴并未直接参与。巴的表态绕过了主权问题，而认为击毙拉登行动符合美国之前所说的“不管在世界的哪个角落发现拉登，都要以直接行动的方式将其铲除”的既定政策。巴《黎明报》指出，奥巴马在演讲中提到“巴基斯坦的合作帮助我们找到了本·拉登的下落”，这与巴政府淡化主权问题有异曲同工之处，暗示双方都不愿把关系搞砸，因为阿巴地区的反恐形势依然严峻。
另外，巴基斯坦淡化在此次行动中的作用，也可能是为了避免恐怖势力向巴发动袭击报复。巴基斯坦主要城市从2日起已经大幅提升警戒级别，美国驻巴使领馆也于3日关闭。记者看到，伊斯兰堡因进城检查严厉，车辆明显减少。
美国国务卿克林顿2日强调美巴之间继续保持反恐合作非常重要。一些美国专家认为巴方迄今没有指责美方在巴领土上采取空袭行动是个“积极信号”。