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五是三峡工程综合管理能力建设。规划提出了构建综合监测体系、综合信息服务平台和综合会商决策系统，综合提升组织协调功能、综合服务功能和应急管理功能。
六是三峡工程综合效益的拓展。以洪水资源化，水库优化调度，供水效益拓展为主攻方向，拓展防洪、发电、航运效益及生态、水资源配置等效益，拓展其在国家水安全和电网运行安全等更大范围的战略保障能力。
三峡后续工作规划涉及内容多，涵盖范围广，时间跨度长，涉及人口、资源、环境、经济、社会等多个领域，必须从整体出发统筹兼顾，妥善处理好各方面的关系。一是国家扶持与自力更生的关系；二是生态环境保护与经济发展的关系；三是移民安稳致富与改善环境、地质灾害防治的关系；四是枢纽工程与库区移民的关系；五是库区与上游、中下游的关系；六是后续工作规划与其他相关规划的关系。
三峡后续工作规划是一项在特定时期，为实现特定目标、完成特定任务的综合规划。规划十分注重保持与相关规划的衔接。在规划层次上，首先，三峡后续工作规划严格依据国家经济社会发展有关规划、政策法规编制；其次，衔接各部门、各行业的同位规划不重复；第三，指导地方相关规划，在规划内容上，对涉及有关部门职能并已有投资渠道的项目，不重复计列投资；在时间序列上，保持与以往规划的连续，注重与现行规划的衔接。