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大约3万年前，早期现代人类与穴居人共享地球环境，但穴居人随后便神秘地消失。穴居人与现代人类非常接近，是早期人类杂交繁衍的分支。事实上，当今许多人仍拥有穴居人的DNA分子。现代人类如何战胜穴居人仍是一个谜团，但一些重要的化石证据提供了穴居人走向灭亡之路的关键线索。
穴居人灭绝最直接的客观因素是他们在人口数量方面输给了现代人类。当现代人类从非洲抵达穴居人定居的欧洲南部时，这两个人类进化分支产生了直接竞争。据研究报告显示，穴居人人口数量仅是现代人类的十分之一，他们被迫到生活条件恶劣的区域生活，那里很难找到食物和庇护所。当穴居人被现代人类逼迫至居住区边缘，很可能由于资源匮乏而导致穴居人开始嗜食同族。在法国一处洞穴内发现的骨骼化石显示，穴居人骨骼出现骨肉脱离的现象，显然是他们迫于生计而食用同族，甚至他们也会嗜食人类。一种类似于疯牛症的致命传染病会导致穴居人精神失常，数以千计地大批消亡。
穴居人拥有发达的肌肉，但早期现代人类却在大脑智慧上占据优势。从出生开始，现代人类与穴居人的大脑智力都非常近似，在早期生命阶段，现代人类的大脑在神经系统方面更具活跃性。虽然这并不意味着穴居人没有现代人类聪明，但现代人类的大脑已具备更高级的能力，例如：创造性和通讯能力。根据现已掌握的穴居人创造力，并未发现他们具有自己的复杂语言系统。
据悉，穴居人和现代人类拥有非洲共同祖先，大约40万年前，早期穴居人离开了非洲，抵达欧洲和亚洲，然而我们的早期祖先却仍逗留在非洲，并进化形成现代人类。大约10万年前，现代人类也离开了非洲，向欧洲大陆进行迁徙。现代人类与穴居人在欧洲大陆共同生存了2万年，最后穴居人灭绝消失。研究显示，穴居人和现代人类并未出现太久的直接竞争，这是由于穴居人消失的时期比之前预测更早，大约39700年前穴居人从地球上消失，这一时间比普遍观点早10000年。