日本科学界，包括大学和公共或私人研究机构已经开始重视有关生物燃料的基础和应用研究。近年，鉴于最近有关生物燃料可持续性讨论，研究的重点已转向纤维素资源和技术。2010年6月，美国政府和日本政府同意开始联合研究有关生物燃料新生产方法的项目，以减少温室气体排放。2011年11月，美国国家科学基金会和日本科学技术振兴机构声明，四个美日研究团队获得总共约12 百万的资金。每个项目将持续三年，但基于这三年研究成果的价值可以再增加两年。这个项目包括生产藻类燃料的有效方法研究（Midori Iijima，2013）。
