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降解底部氨氮、亚硝酸盐 促进水生动物吃食
养殖水体随着配合饲料的投入到中后期，或者高密度养殖、投喂冰鲜饲料的水体前中期开始，残饵、粪便在池塘底部积累，氨氮、亚硝酸盐快速升高。底部恶化后，塘底淤泥或黄鳝养殖网箱内严重腥臭，轻者鱼类吃食差或不吃食，长期氨氮、亚硝酸盐居高不下也会使水生动物免疫力下降，或诱发其他疾病。当水质突然变化或天气剧变时，氨氮突然下降，转化成亚硝酸盐，这时亚硝酸盐会突然大幅度提高，造成水生动物亚硝酸盐中毒。
氧化性底质改良剂具有促进氨氮、亚硝酸盐转化，根据投喂情况和底质情况定期使用，对降解氨氮、亚硝酸盐、硫化氢等有毒物质，防止底部有毒有害物质积累有显著效果。
提高底肥促进藻类生长排污更彻底
水体中藻类等生物大量死亡后沉积在池塘底泥的表面，或使用絮凝剂后，池底表面形成一层俗称“底皮”或“地皮”的物质，特别是前期水浅、透明度低的池塘，“底皮”表面生长大量底栖藻类。“底皮”隔绝了水体与底泥的物质交换，也容易发酵耗氧。有“底皮”的高位池等排污的池塘，排污不彻底，一旦天气异常，水体垂直反转后，“底皮”一次性大量返到水体中很容易造成水体严重缺氧。
有些化学性底质改良剂，如季磷盐为主要成分的改底剂具有打破底部“底皮”的作用，晴天使用，促进“底皮”上浮，同时底部的各种营养盐释放到水体中，促进藻类生长，既减少底部污染，同时又起到肥水的效果。打破“底皮”后底泥中的营养物质可以不断释放到水体中。每天定期排污的池塘，使用这种化学性底改后，排污时间明显延长，排污更彻底。
提高水体透明度防止水质过浓和蓝藻暴发
养殖到中后期以后，随着水质有机质污染越来越严重，养殖水体藻类大量繁殖，蓝藻、膝口藻等喜有机污染水体的有害藻类也大量繁殖，形成大量有害藻类“水华”。水质过浓和有害藻类大量繁殖后，黎明前或阴雨天气容易缺氧，鱼、虾、蟹等水产养殖动物吃食差，蓝藻暴发的池塘很难养出对虾。一旦藻类大量死亡，水质剧变，耗氧严重，水生动物很容易缺氧泛塘和藻毒素中毒。
根据水质情况不定期使用氧化性底质改良剂可以分解水体中过多的有机质，稳定水体环境，提高水体透明度，保持水质清爽，控制蓝藻等有害藻类暴发。
化学性底质改良剂使用注意的问题
避免化学性底质改良剂对水生动物和藻类的应激
化学性底质改良剂特别是氧化性强的底质改良剂对水生动物有较大的刺激性，特别是发病期的水生动物，一次性使用剂量过大可能会加重患病水生动物的死亡，强烈刺激也可能使水生动物免疫力下降，诱发疾病发生，虾类容易应激蜕壳。有些改底剂抑制藻类繁殖，大剂量使用甚至会杀藻，引起藻类大量死亡而倒藻。
基于以上容易出现的问题，应该选择刺激性小的底质改良剂，如溴氯海因，养殖期间尽量避免使用氧化性强、刺激性大的底质改良剂，如臭氧片、三氯异氰尿酸片、二氧化氯片等。同时，选择缓释的片剂，使用后在底泥表面慢慢释放，避免快速释放后局部浓度过大对水生动物和藻类造成应激。另外，根据底质和水质情况以及投喂饲料的种类和数量，采取少量多次的原则，忌一次性使用量过大。