全区河流总体水质状况为优,出入境断面水质优良,部分流经城市段河流受到不同程度污染。监测的79条河流172个断面中,Ⅰ-Ⅲ类优良水质断面占94.76%,Ⅳ类轻度污染水质断面占2.91%,Ⅴ类中度污染水质断面占0.58%,劣Ⅴ类重度污染水质断面占1.75%。伊犁河、额尔齐斯河、阿克苏河、白杨河等73条河流全河段水质均为优良;水磨河、克孜河、吐曼河、博尔塔拉河、喀什噶尔河等5条河流9个断面受到不同程度的污染,其中水磨河、克孜河下游断面为中度-重度污染,主要超标污染物为总磷、氨氮、五日生化需氧量、化学需氧量等。与上年相比,全区监测河流总体水质状况稳定。
全区湖库水质总体是高山或上游湖库水质较好,下游或尾闾湖库水质较差。监测的9个湖泊中,
天池、喀纳斯湖、赛里木湖和艾力克湖水质优良;
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