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大约在5000多年以前,蚩尤所在的九黎部落生活在以山东为中心的地区,后来与生活在山西的炎帝进行了一场大战,蚩尤大败炎帝。随后炎帝联合来自甘肃的黄帝,与蚩尤在河北涿鹿进行了大决战,蚩尤战败被杀。九黎部落一部分逐渐融合在炎黄部族,形成了今天中华民族的最早主体;一部分南迁到湖北、湖南地区成为三苗部族;一部分转变成了羌族、瑶族等少数民族。后来三苗又陆续西迁到贵州、四川和云南等地,其中一支进入了重庆彭水,在这里繁衍生息。
九黎部落、三苗部族和现在的苗族是一脉相承的同一民族群体,在五千年历史变迁中,苗族人仍然将蚩尤奉为先祖,将九黎部落联盟视为先民。在历史上,对蚩尤和九黎部族的描写多有偏见,《国语》说:“九黎乱德,民神杂糅,不可方物”。
1992年,中国史学界将蚩尤与炎帝、黄帝列为中华民族人文三祖,蚩尤终于被正名。中华民族具有寻根祭祖的传统。千百年来,清明时节祭祀黄、炎二帝已成为传统。在苗族的一些寨子,每年也祭祀蚩尤,但是规模都很小。