据媒体报道，“神七”的指挥团队有五人，呈“一正四副”格局，总指挥由中央军委委员、解放军总装备部部长常万全担任。

四名副总指挥分别为总装备部副部长张建启中将、中国航天科技集团总经理马兴瑞、中国科学院副院长江绵恒、国防科工局副局长兼国家航天局局长孙来燕。其中后二人是“神六”指挥班子成员。

张建启中将被认为是中国军队中最精通航天技术和核工业的高级将领之一，据了解，他是统筹“神七”工作的主要负责人和常务副总指挥，在总装备部四位副部长中分管航天工作。“神七”飞船运抵酒泉等各项主要活动，均由其牵头。

马兴瑞在指挥团队里主要负责“神舟”飞船和火箭的研制。49岁的马兴瑞是中国航天界的少帅之一，先后担任过实践五号卫星总指挥和总设计师、绕月探测工程副总指挥、总装卫星系统技术专业组组长。他是国际宇航科学院院士，拥有多项国家科技大奖。