尽管中国已经付诸了大量的努力致力于改进，但中国社会保障制度仍有如下主要问题：

覆盖面小，保障水平低，难以适应城乡居民日益增长的需要。在五大社会保险中，覆盖面最大的是基本养老保险制度，但2005年参加该制度的在职职工加上机关事业单位职工还不到2亿人，不足目标人群的四分之一 。

社会保障资金的统筹层次低。按照要求社会保障基金要实现省级统筹，但从目前情况看，除福建、陕西等少数省（市）实现基本养老保险省级统筹外，其余地区大都以市县级统筹为主。统筹层次低，造成社会保险基金抗风险能力弱、基金调剂功能弱,社会保险个人帐户转移困难 。

基本社会保障管理体制尚未理顺。直到2007年底，基本社会保障管理体制中存在着民政、卫生、社会保障部门之间政策分割、部门利益分割的矛盾和问题 ，难以应对人口老龄化、大规模人口流动、就业方式多样化、收入分配不平衡的挑战。

社会保障个人帐户“空帐”问题严重。例如，全国城镇企业职工养老保险实行社会统筹和个人账户相结合的制度模式，在基金管理模式上实行个人账户基金和社会统筹基金的一本账管理。由于目前中国人口老龄化速度加快，退休人员逐年上升，导致社会统筹收不抵支，迫不得已占用个人账户基金，使得个人账户“空账”运行问题严重。（摘自中国[海南]改革研究院撰写的《中国人类发展报告》）