台风灾害防御由各级政府防汛指挥机构统一组织指挥，实行各级人民政府行政首长负责制，统一指挥、分级分部门负责。

国务院设立国家防汛指挥机构，由国务院有关部委、中央军委总参谋部、武警部队负责人等组成，负责领导、组织全国的防汛防台风工作，其办事机构设在水利部。长江、黄河、淮河、海河、珠江、松花江辽河、太湖等7 个国家重要河湖设立流域防汛指挥机构，由流域内有关省（自治区、直辖市）人民政府、水利部流域管理机构负责人等组成，在国家防汛抗旱总指挥部办公室领导下，指挥流域内的防汛防台风工作，其办事机构设在相应流域管理机构。县级以上地方人民政府设立防汛指挥机构，由有关部门和单位、当地驻军、武警部队负责人等组成，在上级防汛指挥机构和本级人民政府领导下，指挥本地区的防汛防台风工作，其办事机构设在各级水利部门。