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按照预算管理有关规定，目前我国部门预算的编制实行综合预算制度，即全部收入和支出都反映在预算中，国家发展和改革委员会机关、离退休干部局和31个委属事业单位的收支均包含在部门预算中。
一、收入科目
（一）财政拨款收入：指中央财政当年拨付的资金。
（二）事业收入：指事业单位开展专业业务活动及辅助活动所取得的收入。
（三）事业单位经营收入：指事业单位在专业业务活动及其辅助活动之外开展非独立核算经营活动取得的收入。
（四）其他收入：指除上述“财政拨款收入”、“事业收入”、“事业单位经营收入”等以外的收入。
（五）用事业基金弥补收支差额：指事业单位在预计用当年“财政拨款收入”、“事业收入”、“事业单位经营收入”、“其他收入”不足以安排当年支出的情况下，动用以前年度积累的事业基金（事业单位当年收支相抵后按国家规定提取、用于以后年度收支差额的基金）弥补本年度收支缺口的资金。
（六）上年结转:指上年度尚未完成、结转到本年仍按规定用途继续使用的资金。
二、支出科目
（一）一般公共服务（类）发展与改革事务（款）：指国家发展改革委用于保障机构正常运行、开展发展与改革事务方面的支出。具体包括“行政运行”、“一般行政管理事务”、“机关服务”、“战略规划与实施”、“社会事业发展规划”、“经济体制改革研究”、“物价管理”、“事业运行”、“其他发展与改革事务支出”等9个项级支出科目。
1、行政运行：指保障国家发展改革委机关（不含离退休干部局，下同)正常运转的基本支出。主要是人员经费和办公费、会议费、差旅费、印刷费、水电费、办公设备购置费等日常公用经费方面的支出。
2、一般行政管理事务：指国家发展改革委未单独设置项级科目的其他项目支出。项目支出是指为完成特定的行政工作任务或事业发展目标，用于专项业务工作等方面的支出，如“国家发改委政务信息系统运行维护专项经费”。
3、机关服务：指为国家发展改革委机关提供后勤保障服务的机关服务中心的支出（含国家发展改革委机关在职和离退休人员医疗费支出）。
4、战略规划与实施：指拟定并组织实施国民经济和社会发展战略、中长期规划和年度计划，实施宏观管理与调控等方面的支出。如“发展规划项目经费”。
5、社会事业发展规划：指社会事业发展规划方面的支出。
6、经济体制改革研究：指经济体制改革与研究方面的支出。
7、物价管理：指物价管理方面的支出。
8、事业运行：指事业单位（不含机关服务中心，下同）用于保障机构正常运转的基本支出。
9、其他发展与改革事务支出：指上述项目以外的其他发展与改革事务支出。如“机关计算机房节能改造项目”。
（二）外交（类）国际组织（款）：指国家发展改革委以我国政府或国家发展改革委名义参加国际组织，向国际组织的认捐支出以及按国际组织章程或协定规定缴纳的会费。具体包括国际组织会费和国际组织捐赠2个项级支出科目。
1、国际组织会费：指国家发展改革委以我国政府或国家发展改革委名义参加国际组织，按照国际组织章程或协定规定缴纳的会费支出。如“联合国气候变化公约组织秘书处会费”。
2、国际组织捐赠：指国家发展改革委以我国政府或国家发展改革委名义，向国际组织的认捐支出。如“联合国LINK项目捐款”。
（三）科学技术（类）应用研究（款）：指国家发展改革委所属科研单位在科学技术基础研究成果上，针对某一特定的实际目的或目标进行的创造性研究工作的支出。具体包括“机构运行”、“社会公益研究”、“其他应用研究支出” 3个项级支出科目。
1、机构运行：指国家发展改革委所属科研单位的基本支出。
2、社会公益研究：指国家发展改革委所属科研单位从事卫生、劳动保护、计划生育、环境科学、农业等社会公益专项科研方面的支出。
3、其他应用研究支出：指国家发展改革委所属科研单位用于其他应用方面的支出。
（四）科学技术（类）科技条件与服务（款）：指国家发展改革委所属科研单位用于完善科技条件及从事科技标准、计量和检测、科技数据、种质资源、标本、基因的收集、加工处理和服务，科技文献信息资源的采集、保存、加工和服务等为科技活动提供基础性、通用性服务的支出。
科技条件专项：指国家发展改革委所属科研单位用于完善科技条件的支出，包括科技文献信息、网络环境支撑等科技条件专项支出。
（五）科学技术（类）科技重大专项（款）：指国家发展改革委用于科技重大专项的支出。科技重大专项：指国家发展改革委用于科技重大专项的支出。
（六）科学技术（类）其他科学技术支出（款）：指国家发展改革委用于其他科学技术方面的支出。其他科学技术支出：指国家发展改革委用于其他科学技术方面的支出。
（七）社会保障和就业（类）行政事业单位离退休（款）：指国家发展改革委用于行政事业单位的离退休方面的支出。具体包括“归口管理的行政单位离退休”、“事业单位离退休”、“离退人员管理机构”和“未归口管理的行政单位离退休”4个项级支出科目。
1、归口管理的行政单位离退休：指国家发展改革委离退休干部局统一管理的委机关离退休经费支出。
2、事业单位离退休：指国家发展改革委所属事业单位归口管理的离退休经费支出。
3、离退人员管理机构：指国家发展改革委离退休干部局管理机构的支出。
4、未归口管理的行政单位离退休：指国家发展改革委离退休干部局未归口管理的离退休人员支出。
（八）社会保障和就业（类）就业补助（款）：指国家发展改革委所属事业单位用于就业方面的补助支出。
特定就业政策支出：指国家发展改革委所属事业单位用于特定就业政策方面的支出。
（九）节能环保（类）能源节约利用（款）：指国家发展改革委用于能源节约利用方面的支出。
能源节约利用：指国家发展改革委用于能源节约利用方面的支出。
（十）住房保障支出（类）住房改革支出（款）：指国家发展改革委机关及委属单位按照国家政策规定用于住房改革方面的支出。具体包括“住房公积金”、“提租补贴”和“购房补贴”3个项级支出科目。
1、住房公积金：指按照国家统一规定，按规定比例为职工缴纳的住房公积金。
2、提租补贴：指按照《关于在京中央和国家机关行政事业单位提高房租增发补贴的通知》（国管房改字[1999]267号）规定向职工发放的租金补贴。
3、购房补贴：指按照国家房改政策规定，向无房职工、住房面积未达到规定标准的职工发放的住房补贴。
（十一）结转下年：指以前年度预算安排、因客观条件发生变化无法按原计划实施，需延迟到以后年度按原规定用途继续使用的资金。