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【编者按】：在中国，方舟子是一个知名度极高的公众人物，他被冠以"打假英雄"、"打假斗士"，他在新浪的微博博，"粉丝"高达57万之众，具有强大的影响力。任何一个不带偏见的人都承认，他对学术打假作出过贡献。与此同时，对方舟子本人涉嫌抄袭的指责一天也没有停止，但他他始终不承认自己存在任何形式的学术不端行为，并时常为此与学界人士爆发激烈论战，这使得他的形象颇受争议。本着公正客观的立场，本报将陆续披露对方舟子子涉嫌学术不端行为的调查。
"打假斗士"的另类记录
“他反差很大，双重标准明显———看别人的毛病很清楚，自己的缺陷不觉察。他有洁癖，又不是一个完美的人，活得也不轻松。”中国社科院学者易华对方舟子这样评价说。
正是在这种正反两方的严重争议中，方舟子不时出现在公众视野。而他的每一次出场，都是舆论关注的焦点。
流水的朋友
北京大学哲学系教授刘华杰是最早欢迎方舟子加入国内科普圈子的人之一。1999年，刘华杰在网上采访了方舟子，文章发表在《科学时报》上。他还为方舟子策划并编辑了2000年出版的《方舟在线》一书。
这本国内第一本多学科网上争鸣文集的出版，因为“立场鲜明，立战性强”，使生物化学留美博士方舟子在国内一炮打响。从那以后，刘华杰与方舟子“以志同道合的朋友对待”。
上海交通大学科学史系主任江晓原在给《方舟在线》写的书评中，曾用“少侠登场，劲风扑面”之语隆重推荐。
“在学术腐败愈演愈烈的今天，在我们迫切需要‘学术警察’而‘学术警察’偏偏又极为缺乏的今天，方舟子在大洋彼岸义务为此间充任‘学术警察’，在客观上有什么不好呢？论事专门讲究动机，好作诛心之论，这是封建时代道学家的做法，不是我们今天应该采取的态度。”江晓原写道。
的确，方舟子打假的意义在那时尤为突出。北京师范大学哲学与社会学学院副教授田松说，国内媒体一度将科学家看作“圣人”，对科学家造假噤若寒蝉，只有方“从美利坚空投下来的中文打假”伸张了正义，因此，他对净化学术环境是有贡献的。
2001年，在北京国林风书店举办的方舟子著《溃疡———直面中国学术腐败》新书发布暨读者见面会上，田松与方舟子认识。那时，田松带着欣赏的态度看方舟子，因为他们有着类似的特点———都是理工科出身，又都喜欢舞文弄墨。
当时受到追捧的，还有方舟子等人于1994年创办的世界第一份中文网络读物“新语丝”，该网站在1998年就已经小有名气，吸引了许多科学爱好者和知识分子。
“9·11”事件之后，北京一位学界人士请客，方舟子、刘华杰、清华大学科学技术与社会科学研究所教授刘兵、中国社科院研究院郭正谊等人出席。当天晚上，方在新语丝上称，北京知识界举行晚宴为他接风。田松知道后摇摇头：“我才知道，原来北京还有个知识界。”这件事让田松对方舟子的印象大打折扣。
2001年，《中华读书报》与《科学世界》联合举办的2001年度“科普图书奖”评选时，刘兵推荐了英籍华人侯美婉(Mae-WanHo)的《遗传工程：美梦还是噩梦》参加评比，方舟子认为，这是一部站在反科学兼伪科学立场攻击遗传工程的著作，他写了《〈美梦还是噩梦〉不是科普著作》说明观点，这部书最终没能被评为科普佳作。
方舟子在一篇文章中说，他“得罪了想把侯美婉的‘科学女性主义’引进中国的清华大学人文学院教授刘兵”。
那时，清华大学教授赵南元也支持方舟子的结论。刘兵当时的硕士生柯志阳就该书中的一些观点与方舟子和赵南元辩论，平台就是方舟子的“新语丝”。但实际情况是，赵南元批评柯志阳的文章，方舟子马上贴出来，而柯志阳反驳赵南元的文章，方舟子要加上赵南元的点评才肯贴出。
柯志阳对此很不满，他要求方舟子分清几重身份，因为他既是新语丝的老板，又是编辑，又是辩论对手。方舟子则表示，新语丝不给错误观点提供平台，你有本事自己去办一个网站去。“方舟子的行为，让我这个旁观者怒不可遏。”田松说。
这时，田松认识到，新语丝并非一个理性、包容的争论平台，而是属于方舟子自己的阵地。刘兵及其学生与方发生的冲突，让田松对方舟子彻底失望。
田松因此给方舟子写了一封批评信：“做人要公道。己所不欲，勿施与人。你既然以批注的形式发表对手的作品，便该让对手以批注的形式发表你的作品。你既无公道之心，就不配做一个对手。”田松在信中与方舟子“就此别过”。
“美梦与噩梦”事件不断升级，后来刘华杰、田松等人也加入了辩论。方舟子将对方斥为“反科学文化人”，指责刘华杰搞匿名攻击，“由反伪科学走向反科学”。而刘华杰等人指责方舟子用科学的帽子打压人。
这起事件成为刘华杰与方舟子决裂的开端。此前，刘华杰曾公开表示，自己的学术观点与方舟子有了分歧。而方舟子在一篇文章中，称刘华杰一开始与他交往就没安好心。
刘兵认为，刘华杰与方舟子决裂根本上是由于学术立场的差异，"按照方舟子的惯例，他们就不可能有很好的关系"。
10年之后，刘华杰接受《法治周末》记者采访时说，悔不该将方舟子引入国内科学圈："我真的不愿意再谈到这个人。我只能自我检讨，是我交友不慎，我再次向大家道歉。"
知名媒体人鄢烈山相信，方舟子会珍惜自己的信用和得来不易的话语权，若不遵守规则，自会有利益攸关方用包括打官司等方式来纠正他。"言论市场自有净化机制。"鄢说。
刘兵认为，在不同观点并存的情况下，阐述自己的观点，并理解他人观点的合理性，这是学者最基本的态度，方舟子没有做到这一点。
"美梦与噩梦"事件之后，江晓原提出科学圈广为人知的对方舟子的"三不"政策："不理睬、不接触、不反驳"，后来重新表述为"不骂人、不吵架、不停步"。但有人指出，这几条政策虽然避免了自己被辱骂的可能性，却是对社会不负责的表现。江晓原的"三不政策"后来成了很多人对待方舟子的共同守则，绝口不谈与方有关的事情，避免被卷入风波。
"方舟子很少有自始至终的一直维持下来的朋友。交朋友要有规则，例如要讲理、宽容。"刘兵评价道，"他是一个不太适合当朋友的人。"