二、存在的主要问题和整改情况
　　（一）个别分项目投资控制不严。
　　1．审计抽查发现，截至2008年底，京沪高铁1、2、4标段及上海虹桥站部分工程超进度验工计价，累计6.17亿元；1、4标段及上海虹桥站、天津西站存在未按规定调减工程计价、超范围调增自购材料价格等问题，多计工程款共1.37亿元。
　　2．京沪公司将铁道部经济规划研究院负责的通用参考图动态跟踪和技术服务工作中的部分内容，重复委托给中铁工程设计咨询集团有限公司，增加工程成本2200万元。
　　3．勘察设计后期费等计费依据不充分。审计发现，设计单位铁道第三勘察设计院集团有限公司、中铁第四勘察设计院集团有限公司采用未经批准的内部测算系数，调整原国家计委、建设部发布的《工程勘察设计收费管理规定》（计价格〔2002〕10号）中相关取费标准，计取勘察设计后期费30.35亿元，计费依据不充分；在鉴修概算中，计列的“外方监理费”6472万元和“咨询费”3019.3万元，计费依据不充分。
　　（二）少数分项目承发包不够规范。
　　在京沪高铁正线、上海虹桥站、南京南站和大胜关长江大桥等工程的招投标过程中，京沪公司、上海铁路局等建设单位存在标书审核不严、未按规定招标等问题，个别施工单位违反招投标相关规定，将工程分包给无相应资质的单位。审计抽查中国水利水电建设集团公司（以下简称中水集团）投标书中的118名专业技术人员发现，有54人的专业技术职称和职业资格与实际不符；上海铁路局在上海虹桥站建设中，将应招标的工程咨询和桩基第三方检测项目化整为零，规避招投标；中国交通建设股份有限公司、中铁六局等9家单位未经建设单位批准，违规分包工程合计3.12亿元，部分工程被分包给不具备相应资质的单位。
　　（三）部分施工单位使用不符合国家规定的发票入账结算。
　　在材料采购、货物运输、机械设备租赁等业务中，中水集团、中铁十六局等17家施工单位项目部使用不符合国家规定的发票入账结算，总金额达5.2亿元。
　　对审计发现的上述问题，铁道部、京沪公司及各参建单位高度重视，多次组织专题会议，认真研究制定整改方案，及时纠正审计发现的问题，并完善了规章制度。
　　据京沪公司提供的资料，截至2009年8月底：
　　对超进度验工计价6.17亿元的问题，建设单位已全部纠正；
　　对多计工程款1.37亿元和重复委托增加工程成本2200万元的问题，建设单位正在采取措施整改；
　　对勘察设计后期费30.35亿元、鉴修概算中“外方监理费”6472万元和“咨询费”3019.3万元计费依据不充分的问题，铁道部正在调研计费定额，研究制定整改措施；
　　对少数分项目承发包不够规范的问题，建设单位清理了违规分包的施工队伍，并进一步研究完善施工总承包管理，加强对招投标和施工单位分包行为的监管；
　　对使用不符合国家规定发票入账结算5.2亿元的问题，施工单位已纠正4.56亿元，其余0.64亿元正在整改，相关违法违纪人员已移送司法机关处理。