港特区政府敲定港珠澳大桥香港口岸的选址，在赤腊角机场东北兴建人工岛，涉及填海约100公顷，约等于十分之一个机场。香港路政署指出，人工岛位置接近东涌及未来发展区，施工期间，对周围生态、水质、景观及视觉均有影响，未来该口岸更可能需设置隔音屏障，附近住宅的噪音才不致超标。

据香港明报报道，香港路政署13日向环保署提交工程项目简介，就机场东北兴建人工岛方案，申请做环境影响评估报告。简介指出，填海提供土地予香港口岸的发展、重置受影响的机场设施如海运码头、将机场的旅客捷运系统伸延至口岸，与机场产生协同效应；至于屯门至赤腊角的连接路，则加强两地区融合。

简介指出，香港口岸毗邻的工程，在施工期间共有8项，运作期间则有7项，包括港珠澳大桥香港连接线、屯门至赤腊角连接路、大屿山物流园及东涌未来发展项目等。

该署去年已就上述选址做初步环评，例如空气、水质、噪音、生态及渔业等，预期在施工及运作期间，都会有多方面影响，例如因填海造成海洋生态环境损失，对中华白海豚和其它生物的滋扰等。填海工程可能造成水流变化，令鱼类产卵场损失和干扰渔业运作。

该署提交的地图显示，除了机场东北的陆地向东北面伸展，成为人工岛，该岛向西南伸展出去的港珠澳大桥香港接线，将会令东涌新市镇及未来发展区的距离大大拉近至数百米，东涌北岸住宅区的现时无敌海景，将变成繁忙的交通要道。

香港海豚保育学会会长洪家耀表示，人工岛选址毗邻便是白海豚的重要栖息地大、小磨刀洲，每年夏、秋两季，都会有大量白海豚，由西面水域沙洲及龙鼓洲，游到大、小磨刀洲觅食，若在机场东北面大规模填海，同时进行屯门至赤腊角连接路工程，加上该处是繁忙航道，海洋环境将变得非常恶劣，可能会“赶绝”白海豚，认为环评应一并考虑其它工程对海洋生态的影响，但总体来说，该方案较政府早前提出西面填海的方案，对生态的影响较小，因为香港西面水域的白海豚数量密集。