卡特在附近的KV60号墓穴里有了一项新发现，这是一个较小的穴洞，洞门开在通向KV19的过道上。在KV60里，卡特发现了“两具裸体女性木乃伊，以及若干制成木乃伊的鹅”。木乃伊一具置于棺内，一具躺在地上。卡特取走了死鹅，重新封上墓穴。三年之后，另一位考古学家把棺内的木乃伊移至埃及博物馆，之后棺上的铭文表明她是哈特谢普苏特的奶妈。地板上的木乃伊仍原封未动，保持着她当初隐匿至此时的原貌——公元前1000年左右，可能是第二十一王朝的神职人员把她重新葬在这里的。

在岁月更迭中，考古学家遗失了KV60入口的方位，躺在地板上的木乃伊也逐渐被人们遗忘。转折发生在1989年。这一年6月，身为华盛顿州太平洋路德大学讲师的埃及古物学者唐纳德·瑞安来到帝王谷中，对几座较小的简陋墓穴进行考察。在学界颇具影响力的伊丽莎白·托马斯曾经猜测KV60号墓穴之中可能存放着哈特谢普苏特的木乃伊，因此瑞安把KV60也列入了申请考察的墓穴名单。第一天到达时天色向晚，已经无法开始工作，于是瑞安决定在现场周围逛逛，安置些考古工具。他信步走到KV19的入口处，突然之间灵光一闪，想到KV60没准就在附近，就开始用扫帚清扫入口通道。过了不到半个小时，在通道的石壁上发现一个裂缝。一座石门之后延伸出一段台阶。一个星期之后，在卡带机传出的贝多芬《悲怆奏鸣曲》的旋律中，瑞安和一个当地的古迹监察官共同走进这座“遗失的”墓穴。

“有点鬼气森森的，”他回忆道，“我之前从来没发现过木乃伊，我们俩小心翼翼地走进去，就看见地上躺着一具女尸。我的老天！”

木乃伊所处的这座墓穴在古代曾受到盗墓者的破坏。她左臂弯曲放在胸前，有人认为这是十八王朝埃及皇后的常见入葬姿态。瑞安开始为找到的东西编目。“我们找到了棺柩上碎毁的人面部分，还有零星被刮掉的金子。”他回忆道，“我们不清楚霍华德·卡特动过什么，所以就暂且当作一个完好遗址记录在案。”在旁边的一个穴室里，瑞安又发现了一堆包裹木乃伊的麻布，一条木乃伊化的牛腿，还有一大堆“木乃伊食品”——打包成捆、供逝者在漫漫黄泉路上享用的干粮。

随着瑞安对木乃伊的研究日益深入，他愈发觉得这可能是个重要人物。“这具木乃伊做工十分精细，”他说，“而且还摆着皇族的姿势，我就想，哎呀，她是个王后！会不会是哈特谢普苏特呢？很有可能。但是没有证据来分辨她的来历。”

然而不管她是谁，就这样让她裸体躺在一堆破烂中间也未免不近人情。关闭墓穴之前，瑞安和一个同事把陈尸的穴室略微打扫了一下，又到当地一家木匠铺子订购了一具简朴的棺木，然后把无名女安置进去。哈特谢普苏特湮没于世的漫长岁月即将走到终点。

长久以来，历史学家一直把哈特谢普苏特视为年幼的图特摩斯三世的恶毒继母，证据就是其继子在她死后痛加报复——他破坏继母的庙宇碑刻，把公共纪念物上的女王头衔通通抹去。事实上，图特摩斯三世把她的女王形象悉数毁去，就跟当初在美吉多扫荡迦南人一样干净。在凯尔奈克，她的形象和徽匡(象形文的名字符号)都被从祠堂的墙壁上凿去，方尖塔上的文字也用石块遮挡起来(此举却无意中使得这些文字完好保存下来)。

在哈特谢普苏特生前主持修建的最宏伟的景观——代尔拜赫里，她的雕像都被打碎，抛入女王庙前的一个大坑。女王庙被称作“至圣之所”，座落在尼罗河西岸，与现在的卢克索隔水相望，倚着山凹而建，山石呈棕黄色，把深褐色的庙宇拥在怀内，就像法老用头巾围住脸庞。庙宇共分三层，每一层都立着成排的廊柱，宽阔的露台之间由斜坡层层相连，在女王的时代里，庙前的甬道两旁还矗立着狮身人面像，丁字形的池塘里栽满了纸莎草，芬芳的没药树遮着荫凉……它无疑是史上最恢弘的建筑之一。按照当初的设计(可能出自塞内姆特之手)，此地乃是哈特谢普苏特影响力的中心。

她作为皇后的形象都没有受到染指，然而但凡哪里出现了她自称为王的痕迹，继子的工人们就扛着凿子循迹而来，破坏得仔细又精确。“破坏之举并不是感情用事，而是个政治决策。”波兰赴埃及考古团的团长兹比格涅夫·沙弗兰斯基说道。他率领的团队从1961年起就开始在女王庙考察。

19世纪末，当人们把大部已埋入土下的庙宇从废墟中清理出来的时候，人们对哈特谢普苏特的疑问变得更加明确了：她究竟是个怎样的统治者？对部分埃及古物学者来说，答案昭然若揭，他们迅速群起支持图特摩斯三世报复无耻篡权的继母之说。纽约大都会艺术博物馆埃及分馆前馆长、曾于上世纪二三十年代主持代尔拜赫里发掘工作的威廉·C ·海斯在1953年写道：“没过多久……这个虚荣自负、野心勃勃、毫无廉耻的女人就露出了她的狐狸尾巴。”

上世纪60年代，考古学家发现了证据，表明对哈特谢普苏特的打击报复始于她死后至少20年，这时候，那出急躁继子抱负无耻继母的历史肥皂剧就再也站不住脚了。另一种更符合逻辑的推断是，面对其他家族成员的王位之争，图特摩斯三世亟需巩固其子阿蒙霍特普二世的继承者地位。而曾经被污蔑为野心毒妇的哈特谢普苏特，如今又因其政绩而受到人们的礼赞。

“谁也不知道她到底是什么样的人，”在海斯当初任职的部门担任保管员的凯瑟琳·勒里希说道，“她能够统治埃及20年是因为她治下有方，我相信她一定十分精明，懂得如何把人操控于指掌之间，既不用杀他们的头，又能避免给自己惹来杀身之祸。”

唐纳德·瑞安重新发现KV60方位之后又过了将近20年，扎西·哈瓦斯请求埃及博物馆的保管员们把所有身份不明以及可能是十八王朝皇族女性的木乃伊收集到一起，包括KV60中一胖一瘦的两具。瘦木乃伊被从博物馆的阁楼里重新搬出来；胖的那具编号为KV60a，当时还躺在墓穴中，也被人从帝王谷运来。从2006年底到2007年初的四个月里，考古学家们给木乃伊都做了CT扫描，以便检查细节，从而测定她们的死亡年龄及死因。

四具候选木乃伊的CT扫描结果都不足以进行判定，于是哈瓦斯又想出个主意。1881年在代尔拜赫里的大型皇家木乃伊安置点曾发现一个木盒子，上面刻着哈特谢普苏特的象形文徽匡，据说盒内装着她的肝脏。对木盒进行扫描的时候，研究人员吃惊地发现里面还有一颗牙齿。经组里的牙医鉴定，这是一颗臼齿，牙根部分缺失。开罗大学放射学教授阿什拉夫·萨利姆重新检查了四具木乃伊的颚部图像，发现KV60中胖木乃伊的上颚右侧缺了一颗牙齿。“我测量了木乃伊口中的牙根和这颗牙齿的根部，发现二者吻合。”萨利姆说。